Rūšis paplitusi visoje Europoje, išskyrus šiaurinę Skandinaviją, auga Šiaurės Afrikoje, Mažojoje Azijoje, Kaukaze. Juodalksnynai Lietuvoje užima 108,5 tūkstančių ha, arba 5,7% visų medynų ploto. Juodalksnis labiausiai paplitęs Vidurio žemumoje ir pietvakarinėje šalies dalyje. Gyvenimo forma ir išvaizda. Medis. Jaunų medžių laja kiaušiniška, vėliau- ritiniška arba plačiai rutuliška, medyne augančių medžių- nedidelė(viršūninė), užima apie penktadalį stiebo ilgio, glausta, tanki, šakos laibos. Atvirose vietose augantys medžiai suformuoja galingas lajas, panašias į ąžuolų(pavyzdžiui, juodalksniai Palangos parke, Druskininkuose prie Ratnyčėlės). Medyne augančių medžių liemuo paprastai tiesus, mažai nulaibėjęs, gerai nusivalęs nuo šakų. Juodalksnis auga sparčiai, ypač jaunystėje: 4-8 metų juodalksnių maksimalus aukščio prieaugis yra 1,2-1,5m, o atauginės kilmės- 1,5-1,7m. Nuo 20-30 metų prieaugis mažėja, o nuo 45-50 išlieka maždaug vienodas iki 70-80 metų. Juodalksnis išauga iki 30-33(35)m aukščio ir 0,7m skersmens.
Aukščiausias Lietuve juodalksnis- 33m, o didžiausiais liemens skersmuo- 44cm(Panevėžio urėdija,
Žaliosios girinikija, 214 kv). Atvirose vietose juodalksniai pradeda derėti 10-15 metų, medynuose- 30-40 metų. Gyvena apie 180-200 metų.Žievė. Jaunų medelių žalsvai ruda, lygi, žvilganti, plona(apie 2mm), vėliau tamsiai ruda, storesnė(1,2-3,0cm), eižėjanti negiliais plyšeliais kamblio dalyje. Palietus žiauberį, atsiskiria trapios
plokštelės. Ūgliai, pumpurai. Ūgliai apvalūs arba šiek tiek tribriauniai, rausvai rudi su šviesiomis, taškelių
formos lenticelėmis, pliki, žvilgantys, dažnai lipnūs, trikampe šerdimi. Pumpurai pražanginiai,
0,5-0,8cm ilgio, atvirkščiai kiaušiniški, buki arba smailūs, dažnai kotuoti, atsiknoję, tamsiai violetiniai,
aptraukti melsvu apnašu, lipnūs. Sprogsta balandžio pabaigoje.Lapai. 4-9(3-12)cm ilgio ir 3-7(2-10)cm pločio, atvirkščiai kiaušiniški, nelygiai iškirptomis(lyg iškąstomis) viršūnėmis, pleištiškai nusmailėjusiais pamatais. Lapalakščio pamatas lygiais pakraščiais.Lapų kraštai dvigubai dantyti, banguoti. Jauni lapai lipnūs, blizgantys, pliki arba plaukuoti. Suaugę lapai tamsiai žali, šiek tiek blizgantys, pliki. Apatinėje lapo pusėje gyslų kampuose gerai matomi rusvi plaukeliai. Lapkotis 1-2(3)cm ilgio. Kelmo ataugų lapai kartais būna 12-13cm ilgio ir tokio pat pločio. Lapų dydis priklauso nuo augavietės derlingumo bei apšvietimo sąlygų: derlingesnėse augavietėse
lapai didesni, storesni ir sunkesni, labai užstelbtų juodalksnių(gavusių mažai šviesos) lapai dideli,
ploni ir lengvi.Lapai krinta spalio pirmoje ar antroje dekadoje, apvytę žalsvai rudi(negelsta kaip daugumos
kitų medžių). Žiedai ir vaisiai. Kuokeliniai žirginiai susitelkę po 3-6. Kuokeliniai žiedynai susidaro vasaros
pabaigoje ir kabo per žiemą. Patys žirginiai 4-7cm ilgio, su 8-12mm ilgio koteliu. Piesteliniai žirginiai
susiformuoja ant tų pačių šakelių žemiau kuokelinių, lapų pažastyse po 3-5. Piestelinių žirginių koteliai
paprastai ilgesni už patį žirginį. Žiedui prasiskleidus(žydi balandį, prieš skleidžiantis lapams, maždaug
dviem savaitėmis vėliau už baltalksnį), pasirodo raudonos purkos. Piesteliniai žirginiai nokdami
medėja, ir susiformuoja nedideli(1,2-1,5cm ilgio ir 0,7-0,8cm skersmens) kankorėžėliai. Prinoksta rudenį
ir išsilaiko beveik per visą žiemą. Sėklos byra spalį-sausį. Sėkla- 2-3(4)mm ilgio plokščias raudonai
rudas daugiakampis riešutėlis su dviem siaurais sparneliais bei trumpais, nelyginant karūnėlė,
sparniškais stulpeliais viršuje. 1000 sėklų sveria 0,7-1,5g.
Dauginimasis. Juodalksnis paprastai gausiai atsikuria savaime, todėl nereikia didelių išlaidų
medynams atkurti.Sėklas platina vėjas, nunešdamas 60-80(100)m ir vanduo(prisitaikiusios vandeniu plaukti sėklos nukeliauja dešimtis ir net šimtus kilometrų). Kai kurie medžiai atauginę gebą išlaiko iki senatvės.
Poreikis aplinkai. Augavietė. Nors augalų ekologų darbuose nurodoma, kad juodalksnis
vidutiniškai reiklus šviesai, tačiau šalies sąlygomis juodalksnis skirtinas prie šviesomėgiškiausių
medžių: užstelbti daigai žūva per 3-4 savaites(dėl šios priežasties tankiuose medynuose nebūna
pomiškio), miške augantys medžiai gerai valosi nuo šakų, o silpniau augančių medžių šakelės
smulkios, lajos retos; net grynuose medynuose stelbiamame arde atsidūrę medžiai po metų kitų ima
džiūti. Juodalksnis vidutiniškai reiklus šilumai(kaip liepa, drebulė, uosis). Kadangi juodalksnio arealas
nusidriekęs toli į šiaurę, buvo įprasta manyti, kad šis medis atsparus šalčiams ir šalnoms. Lietuvoje
pastebėta, kad jauni juodalksniai dažnai žiemą apšąla, ypač atvirose vietose. Be to, jauni juodalksniukai
dažnai nukenčia ir nuo vėlyvųjų pavasario šalnų. Juodalksnis nėra reiklus dirvožemio derlingumui bei rūgštumui. Gerai auga tuose dirvožemiuose, kuriuose dėl drėgmės pertekliaus negali augti kiti medžiai. Pagal tolerantiškumą drėgmei jis prilyginamas pelkėse augantiems beržams- liekniniam beržui ir beržui keružiui. Vis dėlto teigiama, kad jis gana sėkmingai gali augti ir būti auginamas sausesniuose dirvožemiuose, kuriuose
negiliai slūgso gruntinis vanduo.Šaknys prasiskverbia į 1,5-2,0m gylį, todėl juodalksnis atsparus vėjui. Šlapiose augavietėse medžiai leidžia pridėtines šaknis. Pagrindinė laibųjų šaknelių masė yra išsidėsčiusi viršutiniame
dirvožemio sluoksnyje. Laibosios šaknelės turi gumbelių, kuriuose mikroorganizmai fiksuoja oro azotą.
Atsparus oro taršai. Juodalksnis gali būti auginamas dekoratyviniuose želdynuose. Ypač įspūdingai atrodo
pavieniai prie vandens telkinių augantys medžiai.Juodalksnio priemaiša didina medynų, ypač eglynų, atsparumą vėjui, gerina dirvožemį(šaknyse susidaro gumbeliai su azotą kaupiančiomis bakterijomis; lapų nuokritos didina
humuso atsargas.